Monitoring přítomných biocenóz na vodních nádržích je velmi důležitý. Jednou z principiálně nejdůležitějších metod biologického rozboru je mikroskopická analýza. Na základě taxonomického složení fytoplanktonu, jeho početnosti, intenzity vodního květu a četnosti výskytu je možné hodnotit ekologický stav vod. S přítomností fytoplanktonu výrazně souvisí skladba a diverzita zooplanktonu. Nadměrný výskyt planktonu nebo výskyt určitých problematických druhů sinic a řas se podílí na ovlivnění chuťových a pachových vlastností vody nebo jejím finálním využitím (pitná voda, rekreace). Předložená publikace je zaměřena na stručný taxonomický přehled významných vodních biocenóz hodnocených mikroskopicky.